يوأنس الثالث عشر البابا الرابع والتسعون
في أيام حكم قايتباي الوالي المملوكي الذي اتسم عهده بالهدوء النسبي في الصراع بين المماليك، اتفقت آراء الأساقفة والأراخنة بعد خمسة شهور من نياحة البابا يوأنس الثاني عشر على اختيار الراهب المتوحد "يوحنا" الملقب بابن المصري المولود في صدفا بمديرية أسيوط، وتمت رسامته في 10 فبراير 1484م في كنيسة العذراء بحارة زويلة المقر البابوي آنذاك، وحمل اسم سلفه "يوأنس" بلقب الثالث عشر.
حبه المتناهي للمعوزين والفقراء:
لقد تشابهت أيّامه مع المتنيّح البابا متاؤس المشهور بحبه المتناهي للمعوزين والفقراء، فلم يطرق بابه إنسان إلا ووجد حاجته دون نظر إلى سنٍ أو مذهبٍ أو دينٍ. فكان عطاؤه للكل بلا حدود، ومع هذا ازدهر البناء في الكنيسة في عصره بدرجة كبيرة جدًا، وبلغت الكنيسة شأوًا كبيرًا في الداخل والخارج، فكانت الخدمة الكنسية على أحسن أحوالها كمًّا وكيفًّا بمساندة الأنبا ميخائيل الرابع أحد أساقفته. وقد قام البابا يوأنس بإحضار جسد القديس مرقوريوس أبي سيفين إلى الكنيسة المكرّسة باسمه في مصر القديمة بدرب البحر في سنة 1488م. عاش البابا فقيرًا من الناحية المادية، لكنه كان غنيًا في كل مجال، ففي الناحية العلمية كان ضليعًا في العلوم الكنسية وله كثير من المؤلفات في طقوس الكنيسة وفي تعاليمها تزود بها أهل عصره.
سيامة أسقف قبرصي:
ومن ناحية دور الكنيسة مسكونيًا، فقد وجه خطابًا بابويًا إلى أساقفة قبرص والخمس مدن الغربية وأثيوبيا. والجدير بالذكر أنه هو الذي رسم أسقفا قبرصيًا هو الأنبا ميخائيل القبرصي مطرانًا قبطيًا على قبرص ورودس، ولازال التأثير القبطي واضحًا في نقوش الكنائس والقصور فيهما حتى يومنا هذا، ولازالت إحدى كنائسنا هناك باسم القديس أنطونيوس ويوجد دير يحمل اسم أنبا مقاريوس وهو "سوري اجار" (دير أنبا مقار). وكان القبط آنذاك أحد فئات الشعب وضمن الإحصاء العام الذي اضطلع به التُرك بعد حكمهم الجزيرة لتحديد الضرائب.
إيبارشيات المدن الغربية:
أما من ناحية الخمس مدن الغربية فيذكر المؤرخون أن المسيحية انتهت تمامًا فيها في بابوية الأنبا يوأنس السادس زمن حكم صلاح الدين الأيوبي، بعد أن كانت من أهم المراكز المسيحية التابعة للكرسي السكندري وكانت إبروشياتها عامرة تشغلها الأساقفة. لكننا نجد للقبط أسقفًا في عهد البابا يوأنس الثالث عشر حتى دخول العثمانيين شمال أفريقيا في العقد الثاني من القرن السادس عشر الميلادي وكان اسمه "قرياقوص"، وقد ترك هذا الأسقف إيبارشيته وعاد إلى مصر بعد الحكم العثماني لها وذهب إلى دير السيدة العذراء الشهير بالسريان حيث قضى بقية حياته. ونعرف من إيبارشيات المدن الغربية ما يلي: أفريقية وبرقه وبرنيقه وطرابلس الغرب ومراقية في ليبيا وتونس ودرنة وقابس وقيروان في تونس.
أسقف برتغالي لأثيوبيا:
أما من جهة أثيوبيا، فقد تعذر على البابا السكندري إرسال مطران قبطي - كالعادة - لأولاده الأثيوبيبن بسبب الخصومات بين سلاطين مصر المماليك وملوك أثيوبيا، مما دفع داود الثاني ملك أثيوبيا إلى مخاطبة البرتغال لتعيين أسقف وفعلاً رسم الحبر الروماني أسقفا للأثيوبيين، والعجيب أنه سماه "بطريرك الإسكندرية" وكان برتغاليًا اسمه (بواز بارموداز Poaz Parmodaz) رغم ما في ذلك من تَحَدٍّ واضح وصريح للأصول الأخوية ولقوانين المجامع المسكونية خصوصًا مجمع نيقية. ولكن أصلحت الأحوال وأرسل داود الملك الأثيوبي أميرين أثيوبيين أحسن قنصوة الغوري استقبالهما واستقبلهما البابا المصري بالترحيب ووعدهم بإرسال أسقف مصري.